O altă biserică protestantă și cu istorie încărcată, însă specifică maghiarimii transilvănene, este cea unitariană. Edificarea ei a început în 1934, pe o fâșie de teren donată de oraș, și s-a finalizat în 1936, odată cu slujba de sfințire. Are un plan dreptunghiular cu absidă semicirculară, navă boltită semicilindric, tribună din lemn și turn masiv pe latura de vest specific arhitecturii moderne din mediul urban secuiesc, pe care e trecută inscripția „Egy Az Isten” („Există un singur Dumnezeu)”. Aici se găsește un clopot de 544 de kilograme, turnat în București, și pus în funcțiune în 1957, în Ajunul Crăciunului.
Filiala locală s-a constituit în 15 aprilie 1884 (o zi de Paște), cu 50 de ani înaintea edificării bisericii, sub conducerea parohiei din Secuieni (azi în Județul Harghita). Prima slujbă a credincioșilor unitarieni a avut loc în 15 iunie 1884, în Cetate, prin bunăvoința comunității luterane. În 16 noiembrie 1909, în cadrul unei adunări bisericești prezidată de protopopul de Târnăveni (azi în Județul Mureș), filiala a fost transformată în parohie independentă. Un an mai târziu, în 20 martie, a fost numit și primul pastor, în persoana lui Béla Nagy. Până la darea în folosință a bisericii, slujbele se țineau în casa parohială.
Puternicele inundații din anii 1970 și 1975 au afectat serios ambele construcții, dar pagubele au fost rapid acoperite. Interiorul bisericii a fost îmbogățit cu o orgă electronică (prima de acest fel din toate bisericile unitariene ale Transilvaniei), textile tradiționale brodate, un panou pentru afișarea imnurilor cu design inspirat de poarta secuiască și candelabre din lemn sculptat. Conform tradiției, ea nu are icoane, picturi și nici altar, albul simbolizând puritatea și claritatea credinței.
Deși comunitatea unitariană este relativ tânără și mai puțin numeroasă, cultul religios își are originile la mijlocul secolului XVI, fiind fondat de Dávid Ferenc sau David Francisc, un clujean născut în jurul anului 1520, din tată sas și mamă unguroaică, ajuns prim-paroh al Bisericii „Sfântul Mihail” din Cluj și pastor la curtea principelui Ioan Sigismund Zapolya (1540 – 1571). După terminarea studiilor în orașul german Wittenberg, însuflețit fiind de ideile reformatoare, teologul a avut un traseu protestant sinuos, trecând de la catolicism la luteranism, de la luteranism la calvinism și de la calvinism la unitarianism, până spre funcțiile de primul episcop al Bisericii Unitariene din Transilvania și primul rector al celei mai vechi instituții din Cluj – Colegiul Unitarian (numit așa până în 1948, iar din 2012 numit Liceul „János Zsigmond”). Teza sa susține credința într-un Dumnezeu unic și indivizibil, natura umană a lui Isus Hristos și antitrinitarismul (negarea existenței Sfintei Treimi).
Recunoașterea oficială a venit în 1568, printr-un edict al Dietei de la Turda, privind libertatea conștiinței și a toleranței religioase pentru confesiunile catolică, luterană, calvină și unitariană din Transilvania (un act unic în Europa acelor vremuri tulburate de Inchiziție). Ortodocșii și mozaicii nu s-au bucurat de aceeași recunoaștere oficială, însă au fost tolerați. În ciuda noilor reglementări, cultul unitarian nu a scăpat de persecuțiile principilor catolici sau chiar reformați, situație ce a provocat reducerea numărului de adepți și, implicit, a numărului de parohii. Acuzat de blasfemie și de inovație religioasă excesivă, rămas fără dreptul de a mai predica și măcinat de boală, Dávid Ferenc a murit în 1579, în cetatea Devei, unde fusese întemnițat cu câteva luni înainte. Reforma sa radicală s-a dovedit a fi însă ireversibilă în viața spirituală a transilvănenilor, care au dus-o cu ei peste Oceanul Atlantic, în America de Nord.
Biserica unitariană din Sighișoara, simplă atât la exterior, cât și la interior, este localizată pe Strada Gării, la numărul 15, și poate fi vizitată la cerere. Persoanele de contact sunt preotul paroh Jenei László-Csaba, al cărui număr de telefon este +40 761 618 250, și epitropul Szabó Árpád, al cărui număr de telefon este +40 762 273 097.